隆慶元年（1567年）七月二十九日生，父謝汝韶，舉人出身，曾任錢塘教諭、安仁知縣。謝肇淛自幼穎悟聰敏，稍長即博覽羣書，擅長詩文。青少年時隨父往長沙。萬曆六年（1578年）汝韶辭官回福州，謝肇淛隨父居福州朱紫坊，與名士徐熥、徐火勃、曹學佺等交遊，組織「蓮社」，切磋詩文，學識益進。萬曆十六年（1588年）謝肇淛中舉，萬曆二十年（1592年）考中壬辰科進士，任湖州推官。湖州知府忌白衣，見穿白衣者均予逮捕治罪。謝肇淛作詩諷刺，知府大怒，調爲東昌司理。萬曆三十四年（1606年），其父去世，謝肇淛回閩守孝三年。
萬曆三十七年（1609年）謝肇淛出任南京刑部主事。後升兵部郎中，又調任北京工部屯田司員外郎。萬曆四十年（1612年）大旱，謝肇淛上疏爲民請命，指責宦官搜刮民衆行爲，指出國家諸多浪費弊端，語氣懇切。神宗感其誠，曾傳旨嘉獎，但不能用其言。旋奉命巡視河道，治理河流。僅用一年時間，即完成疏浚河道任務，並在治河中寫成《北河紀要》，詳載河流原委及近代治河利弊。翌年春，神宗愛子福王就國，用船1200多隻。謝肇淛操小艇爲之前導，沿途疏浚，船隊得以暢通，沿途百姓亦少受騷擾。其後出任雲南參政，又調廣西按察使。
天啓元年（1621年）任廣西右布政使。謝肇淛到廣西任職後，見吏治腐敗已極。深感痛心，他認爲吏治腐敗的主要原因是爲官不理政事，而由胥曹代理，胥曹因循守舊，上下虛與周旋，以至積弊無法解決。他到任後力挽時弊，置官增兵駐守廣西與安南（今越南）邊境，以抵禦安南侵擾，他整頓鹽政，增加財政收入，並鑄錢招徠商人與少數民族互市，發展經濟。他設法抑制土司的權力。使少數民族地區臣服政府管束。經他治理，廣西境內政通人和，相安無事。天啓四年（1624年）十月二十三日病卒於萍鄉官邸，葬於長樂縣下洋村大象山麓。咸豐五年（1855年）鹽商魏傑在鼓山新建桃巖精含，內祀五賢，五賢即「曹學佺、徐熥、徐火勃、林弘衍與謝肇淛」，故名五賢祠。
收藏家
謝肇淛酷嗜藏書，收集宋人文集頗富，祕本較多，貯於「小草齋」中，藏書名耀於東南，與徐火勃 、曹學佺稱福建藏書「鼎足三家」。曾有家藏數目爲《小草齋書目》，今已不詳。筆記《五雜俎》、多記掌故風物。對宋版圖書的版本有獨到研究，稱：「書所以貴宋版者，不惟點畫無訛，宜亦且箋刻精好，若法帖然。凡宋刻有肥瘦二種，肥者學顏，瘦者學歐。行款疏密，任意不一，而字勢皆生動」。家藏抄本頗多，親手抄寫有宋楊大年《武夷新集》、宋陳襄《古靈集》、《金瓶梅》、《沈下賢集》、《王黃州小畜集》、《竹友集》、《稼軒長短句》、《後村大全集》、《北磵集》、《論語意原》、《寓簡》等，藏書印有「小草齋抄本」、「晉江謝氏珍藏圖書」等。編撰有《晉安藝文志》、《滇略》等。
所著作品
謝肇淛博學多才，諸子百家之書，無不涉獵；入仕後，歷遊川、陝、兩湖、兩廣、江、浙各地所有名山大川，所至皆有吟詠。其詩雄邁蒼涼，寫實抒情，爲當時閩派詩人的代表。在京爲官時，無事即到內府抄閱古籍收藏，亦是知名藏書家。謝肇淛曾與徐（火勃）重刻淳熙《三山志》；一生勤於著述，寫作大量筆記小品，是明末著名學者。所著《五雜俎》16卷，多記掌故風物，爲明代一部有影響的博物學著作。另著有《麈史》4卷，《麈餘》4卷，《續麈餘》1卷，《居東雜纂》4卷，《文海披沙》8卷，《百粵風土記》1卷，《粵藩末議》2卷，《北河紀略》8卷，《北河紀餘》4卷，《謝在杭文集》28卷，《詩集》30卷，《續集》2卷，《今用禮考》10卷，《吳興支乘》1卷，《史測》2卷，《史考》7卷，《史觿》17卷，《筆觿》10卷，《滇略》10卷，《泊堂臺墨》12卷，《長溪瑣語》1卷，《小草齋詩話》4卷，《小草齋集》30卷，《小草齋續集》3卷，《方廣巖志》4卷，《晉安藝文志》3卷，《太姥山志》3卷，《鼓山志》12卷，《支提山志》7卷，《萬曆永福縣誌》5卷，《八閩鹺政志》16卷，《四部叢談》、《郡國考》、《紅雲續約》等數十種，爲我國書史留下大量寶貴的文化遺產。謝肇淛在廣西任上，還校刻《二曹詩》行世。
謝肇淛滿清時代的禁書《五雜組》「俎」又作「組」。分爲天部二卷，地部二卷，人部四卷，物部四卷，事部四卷，共十六卷。因全書由五部組成，故名爲「五雜組」。《五雜組》大多記錄作者本人的讀書心得，亦有國事、史事之考證。有李維楨所作序。有萬曆四十四年潘膺祉如韋館刻本。
《五雜組》在清乾隆年間、文字獄最盛之時被列爲禁書，全國收繳並「全毀」，其主要原因是言辭大膽觸到了清統治者的痛處：其一，關於「夷夏」的議論。謝肇淛學貫古今，有着很清醒的頭腦，對歷史和時局有着獨到的見解。他在明朝尚且強盛的時候，就看到了邊疆最大的隱患——正悄然發展起來的「蠻夷之族」女真。不但如此，謝肇淛早在萬曆年間就已提出了制服夷狄的策略，就是「以夷攻夷」離間他們，防止他們聯合。