何南鳳於明萬曆三十四年(1606)中舉。後來，他決意出家，歷遊齊、魯、吳、越等地名山寺廟，曾住持平遠文殊、龍川石嶺、興寧曹源和祥雲等地寺廟；晚年住持江西豫章普濟寺。他博採各家，創立了亦佛亦儒、亦僧亦俗的新流派，以「勸人行善」爲主要教義。由於其學說適應了當時客家地區羣衆的需要，在粵東、贛南、閩西一帶以及東南亞都有其門徒，其學說頗有影響。
南鳳世家書香，父疑吾，字心吾，明代萬曆年間歲貢生，母劉氏。
南鳳生而穎悟，過目成誦，每試輒冠軍，年十五，入秀才，博覽羣書。早年，偶閱佛教《壇經》，恍然有悟，決計出家。他的父親得知後，把他從佛寺帶回來，仍叫他專心研究儒家經籍，年二十八中舉（明萬曆四十年己卯），第二年入京會試，在途中遇見了黃山的普門禪師，相與談禪，志趣相投，便又決定出家，再當和尚，遠遊山東、浙江、江蘇、江西、福建。近至平遠、龍川、潮州等地名寺。也曾在神光山佛寺住持多年，並在神光山麓親建曹源寺一座。晚年定居江西南昌普濟山，在寺內坐而逝。
南鳳逝世後，他的門徒印致在普濟山建塔一座，在塔內安葬南鳳的骨骸。當年神光山南鳳的僧徒也在曹源寺右邊修建南鳳的衣冠冢，安葬南鳳的的發爪、法器遺物。
南鳳有子二人，長名先甲，次名先庚，都入了秀才，一說先甲早年曾參加反清復明起事。
南鳳信佛參禪，當了和尚，卻不拘形式上的儀節和禁戒，仍飲酒食肉。娶妻生子，「成婚後，妻亦和，得子後，子亦孝」。
南鳳性至孝，自謂「會元及第之念，幼長懷之，參禪看破。只因會試欠債，思得一薄宦以償，再以慰老母殷望」。但他終未做官，晚年思念「老母在堂，杖履歸省，依依親舍者數年。」
南鳳出家後，雖參禪棄儒，但終不忘儒。他認爲儒釋本無二致，僧和俗也是可通的。他以儒家的「格物、致和、平天下」與釋氏之「明心見性度衆生」爲宗旨，時而出家，時而還俗，毫無拘束。作《半僧先生傳》以自況。自謂「一言半語，本諸先聖之要，出諸自得之真。信得及者，依而行之，直可超凡入聖，度生死苦。則謂之半僧先生而己矣。」所著詩文不少，但他不願集而成書，每數月，即取手稿投之於水火。今僅存他的門徒輯錄的詩六十四首，歌吟贊偈十一首，盡牘八篇，文十二篇，名曰《初堂餘稿》。前人有評：「疾沒世而名不稱，非先生志也。獨怪今來，實學真才，脫然名利如先生者。回不多覯。」